Выявление молекулярных нарушений в опухолевых клетках

Своевременная диагностика онкологических заболеваний позволяет повысить эффективность противоопухолевой терапии, увеличить продолжительность и улучшить качество жизни пациентов. Благодаря развитию методов молекулярной диагностики появилась возможность выявлять молекулярные нарушения и применять терапию,направленную непосредственно на данные нарушения в опухолевых клетках – таргетные препараты [1]. Рак легкого (РЛ) и рак молочной железы (РМЖ) являются наиболее часто встречающимися онкологическими заболеваниями. Для определения стратегии лечения РМЖ и РЛ в настоящее время проводят молекулярно-генетическое тестирование на наличие нарушений генов ALK, EGFR, ROS1, KRAS, BRAF, RET, BRCA1, BRCA2 и др [2]. Помимо вышеперечисленных маркеров рассматриваются и другие, не менее перспективные для диагностики и лечения РМЖ и РЛ. Список тестов, для которых активно разрабатываются внедряются таргетные препараты, значительно расширяется. На данный момент к таким маркерам относятся ESR1; NTRK1; NTRK2; NTRK3; PALB2; PIK3CA/AKT1; RB1 и ETV6. Таким образом, проведение молекулярно-генетических исследований требует все большей производительности, расширения перечня специфических тестов для пациентов со злокачественными новообразованиями.

В настоящее время в качестве стандартных молекулярно-генетических методов используются ПЦР и секвенирование по Сенгеру. Однако, у этих методов существует ряд ограничений. В частности, при использовании ПЦР считывается только короткий участок гена. Секвенирование по Сенгеру имеет высокую точность, но низкую производительность. Для выполнения исследований мутаций в нескольких генах требуется серия постановок и занимает достаточно продолжительный интервал времени, что негативно сказывается на выживаемости пациентов, ухудшает прогноз лечения.

Сокращение сроков диагностики, повышение ее качества, увеличение информативности – важные задачи в лечебном процессе. В связи с этим на первый план в лабораторной диагностике опухолевых заболеваний выходит секвенирование нового поколения (NGS), являющееся наиболее информативным методом исследования.

Технологии NGS позволяют одновременно определять нуклеотидные последовательности множества различных нитей ДНК при осуществлении процессов синтеза или лигирования ДНК, что обеспечивает чтение миллиарда нуклеотидов в день [3]. Таким образом, NGS позволяет быстро, точно и единовременно секвенировать не только отдельные гены, но и клинический экзом, в отличие от рутинных методов диагностики. Высокопроизводительное секвенирование позволяет более глубоко охарактеризовать опухоль каждого больного без увеличения времени исследования и стоимости. Данный метод позволяет получить максимально полный набор данных о структуре генетического материала опухоли, выявляя не только известные, но и никогда ранее не встречавшиеся мутации, что также имеет важное значение для разработки новых таргетных препаратов.

Таким образом, использование NGS в обследовании пациентов с онкологическими заболеваниями позволит усовершенствовать алгоритм диагностики заболевания, повысить информативность результатов исследования за счет получения полной информации по исследуемым генам, сократить сроки проведения диагностики за счет возможности единовременного исследования сразу нескольких генов, повысить эффективность терапии, благодаря своевременному и точному выявлению генетических маркеров, критически важных для назначения таргетной терапии [4].

1. Трякин А.А., Федянин М.Ю., Покатаев И.А., Практическая онкология. Т. 19, №3 — 2018, с. 183-199.
2. Wafik S., El-Deiry MD, PhD, FACP, Richard M. Goldberg MD, Heinz‐Josef Lenz MD, FAPC, Anthony F. Shields MD, PhD, Geoffrey T. Gibney MD et al. The current state of molecular testing in the treatment of patients with solid tumors. CA: Cfncer journal for clinicians, 2019;№4, July, p. 305-343.
3. Алексеева А. Е., Бруснигина Е.Ф. Медиаль. 2 (12) – 2014, с. 6-27.
4. Корман Д.Б. Практическая онкология. Т. 20, №1 — 2019, с. 29-42.

Оценить количество молекулярных нарушений выявляемых в образцах опухолей пациентов с местнораспространенным и метастатическим раком молочной железы III-IV стадии и местнораспространенным и метастатическим неплоскоклеточным раком легкого III-IV стадии методом NGS для последующего подбора соответствующих таргетных препаратов.
1. Провести молекулярно-генетическое исследование методом NGS 150 образцов биопсийного материала пациентов с местнораспространенным и метастатическим раком молочной железы III-IV стадии и 150 образцов биопсийного материала пациентов с местнораспространенным и метастатическим неплоскоклеточным раком легкого III-IV стадии на наличие мутаций в генах:

— однонуклеотидный вариант: ABL1,AKT1, AKT2, ALK, APS, AR, ARAF, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CCND2, CCND3, CD274, CDK4, CDK6, CDKN2, CSF1R, STNNB1, DDR2, DPYD, EGFR, ERBB2, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR 2, FGFR 3, FLT1, FLT3, FLT4, GATA3, GNA11, GNAQ, GNAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, SMO, STK11, MAP2K2, MET, MLH1, MSH2, MSH6, MTOR, NF2, NFE2L2, NRAS, NTRK1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3R1, PMS2, PTCH1, PTEN, RAF1, RB1, RET, ROS1, RNF43, SMAD4, TERT, TP53, TSC1, TSC2, UGT1A1, VHL;

— инсерции, делеции: ALK, APS, BRAF, STNNB1, EGFR, ERBB2, KIT, MET, PIK3CA, PTEN, TP53, TSC1;

— химеры: ALK, NTRK1, FGRF2, RET, ROS1

2. Провести анализ результатов полученных методом высокопроизводительного секвенирования.

Критерии включения в исследование:
— гистологически подтвержденный диагноз рак молочной железы либо рак легкого.
— стадия IIb-IV
— возраст – старше 18 лет

Приглашаем к сотрудничеству пациентов и специалистов здраоохранения.

Исследование проводится при поддержке ООО «АстраЗенека Фармасьютикалс», АО «Рош-Москва», ООО «Пфайзер», ООО «Новартис Фарма».